Санаторий «Ишимский» располагает современной лечебно-диагностической базой, но основными лечебными факторами для санаторно-курортного лечения являются минеральная вода, а также сульфидно-иловая грязь с озера Горькое-Мыльное.
На территории санатория действует уникальный термальный источник минеральной воды. Глубина скважины – 1530 метров. По химическому составу эта вода хлоридно-натриевая йодобромная с минерализацией 20,4 грамма на литр. Воды подобного химического состава используются для лечения заболеваний опорно-двигательного аппарата, периферической нервной системы, кожи, гинекологических андрологических, эндокринных и сердечно-сосудистых заболеваний.
Сульфидно-иловые чудодейственные грязи с озера Горькое-Мыльное используются при лечении заболеваний органов движения и последствий травм опорно-двигательного аппарата, невритах, плекситах, хронических болезнях мужской и женской половой сферы. В годы войны эта целебная грязь впервые в медицинской практике успешно применялась Ишимским госпиталем для лечения самого страшного фронтового заболевания – газовой гангрены.
Медицинская база здравницы оснащена современным медицинским оборудованием. Физиокабинет оборудован новейшей физиоаппаратурой для теплолечения, электролечения, светолечения, лазеротерапии, аэрофитотерапии, лимфодренажа и магнитотерапии - местной и общей (магнитотурботрон). В числе физиотерапевтических процедур используются сухие углекислые ванны. В комплексном лечении применяется лечебная физкультура. Для лечения позвоночных и суставных болей, мезпозвоночной грыжи, радикулитов, артритов остеохондроза – вытяжение позвоночника на аппарате «Ормед-3М». В лечебно-оздоровительном комплексе работает зал гидропатии с комплексом лечебных душей, сауна, бассейн, а также мини-сауна «Кедровая здравница».
Целебный эффект от пребывания в санатории «Ишимский» является следствием воздействия таких лечебных факторов как уникальная природа, воздействие минеральных вод и лечебных грязей, активный отдых, курортный режим и правильное питание.